近日,山东农业大学杨龙教授团队在国际计算生物学领域期刊Database: The Journal of Biological Databases and Curation(JCR Q1,五年影响因子4.1593) 上发表了题为PlantGF: an Analysis and Annotation Platform for Plant Gene Families的研究论文,构建了一个研究植物基因家族的用户友好型综合分析和注释平台。
基因家族 (gene family) 是来源于同一个祖先,由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因,它们在结构和功能上具有明显的相似性,编码相似的蛋白质产物,在不同物种内部和物种之间执行某些特定的功能。近几年单个基因家族分析的研究井喷式产生,但是大量数据挖掘对于非生信人员分析基因家族有一定难度。
该研究构建了一个植物基因家族分析与注释的综合平台。从138种植物中共鉴定出2,909,580个基因家族成员,基于自建流程加以注释,并采用Flask搭建平台,提供完整的数据,建立了一个用户友好的数据库。基于该平台,所有用户 (即使没有任何生信基础知识) 可以进行快速有效的基因家族相关研究。此外,该平台还提供了四个在线工具。随着新的植物序列的产生和新的生物信息学工具的出现,该平台将不定期的更新。
山东农业大学信息科学与工程学院大三本科生李佳轩和云南玉溪中烟种子有限责任公司杨帅为该论文的共同第一作者;山东农业大学植保学院杨龙教授和唐恒老师为通讯作者。该研究得到了山东省农业产业技术体系 (SDAIT-25-01) 项目的资助。